Những năm tháng chiến tranh 1946 -1949, Dòng Chúa Cứu Thế Thái Hà Ấp – Hà Nội do các thừa sai Canada thành lập, nên được hưởng qui chế đặc biệt dành cho những quốc gia trung lập. Vì thế, Dòng Chúa Cứu Thế Hà Nội không chỉ là nơi “ẩn giấu” của những người nghèo ngoài vòng pháp luật mà còn là nơi tạm trú, học tập của các chủng sinh thuộc Tổng giáo phận Hà Nội.
Trong thực tế, ngày 19/12/1946, Hồ Chí Minh kêu gọi toàn quốc kháng chiến. Sau lời hiệu triệu của Hồ Chí Minh, những gì được cho là liên quan tới thực dân Pháp đều bị tấn công. Chủng viện Xuân Bích ở phố Liễu Giai, Hà Nội, cùng chung số phận. Cha giám đốc Paliard, cùng với các linh mục Xuân Bích, như cha Uzureau, Gastine, Coutoirs, Carret… bị bắt và bị đưa đi biệt tích tại Yên Bái. Chủng viện bị giải tán. Các chủng sinh tan tác mỗi người mỗi ngả. Các cha Xuân Bích bị đưa đi đâu không ai rõ suốt ba năm không tin tức. Cuối tháng 8 năm 1949, các ngài đột ngột trở về qua ngả Sơn Tây.
Trước tình cảnh bi đát của thời cuộc, nhận thấy không thể chờ tình hình thay đổi, cuối tháng tám đầu tháng chín năm 1947, Bề trên Giáo phận Hà Nội, Đức cha Chaize đã quyết gửi hơn 30 thầy xuống học tại DCCT Thái Hà. Nhà Dòng đã hoan hỉ đón các thầy và giao cho cha Gérard Gagnon phụ trách các thầy. Sau đó, các thầy đã lần lượt chịu chức chung với các thầy Học viện của Dòng. Trong số hơn 30 chủng sinh chạy loạn và được Nhà Dòng cưu mang hồi đó, về sau đã có 5 người trở thành Hồng y, Giám mục là các Đức Cha Giuse Maria Trịnh Văn Căn, Phaolô Giuse Phạm Đình Tụng, Giuse Maria Nguyễn Tùng Cương, Phaolo Lê Đắc Trọng và Đaminh Nguyễn Văn Lãng. Một số vị khác trở thành những linh mục nổi bật trong các giáo phận.
Tháng 9 năm 1949, Chủng viện Xuân Bích Hà Nội được tái lập. Các chủng sinh quay lại học cho đến khi cơ sở này bị nhà cầm quyền cộng sản cưỡng chiếm bất hợp pháp.
Ngày 26/12/1950, Học viện thánh Anphongsô chuyển vào Đà Lạt, kết thúc nhiệm vụ sau 15 năm tồn tại và phát triển.
Lm. Gioan Nguyễn Ngọc Nam Phong, C.Ss.R